یکی از بخش‌های مهم دیجی‌کالا، بخش لجستیک یا حمل‌ونقل آن است. دیجی‌کالا به عنوان پیشرفته‌ترین بستر تجارت الکترونیک در ایران، ساختار حمل‌ونقلی بزرگ و پیشرفته‌ای دارد که شامل زیرساخت‌های مختلفی از جمله: ۱۵ انبار سیار در سطح کشور، ۹ باجه دریافت در شهرستان‌ها، سیستم جمع‌آوری کالا از فروشنده، خدمات حمل کالای نمونه به کارخانه تولید محتوا، حمل محموله به انبار، تحویل کالاهای مرجوعی از مشتریان، سیستم توزیع کالا به مشتریان و… است.

دیجی‌کالا به کمک این زیرساخت و سیستم بزرگ و پیچیده تلاش می‌کند تا شرایط مطلوب و راحتی را برای فروشنده‌های خود به وجود بیاورد و فروشنده‌ها بتوانند به سادگی و با استفاده از این سیستم حمل‌ونقل، کالاهای خود را به انبار دیجی‌کالا تحویل داده و یا آن‌ها را از انبار دریافت کنند، نمونه کالاهای خود را به کارخانه تولید محتوا ارسال کنند و بالاخره از انبارهای سیار و دیگر خدمات دیجی‌کالا استفاده کنند. نگهداشت، بهبود و توسعه این سیستم حمل‌ونقل نیازمند برنامه‌ریزی‌های عملیاتی و مالی گسترده ای است که دیجی کالا مانند همیشه نقش پررنگ و تاثیرگذاری در متعادل کردن این هزینه‌ها برای فروشندگان داشته است.

هزینه‌های حمل‌ونقلی فروشندگان شامل موارد زیر می شود:

• استفاده از امکان جمع‌آوری کالا از فروشنده‌ها
•  استفاده از انبار سیار
•  استفاده از باجه‌های دریافت در شهرستان‌ها